Nacido en Catamarca, se graduó en Buenos Aires con una tesis sobre el cólera y fue inspector de Higiene de la Municipalidad.

En 1890 fue nombrado al frente del Departamento Nacional de Higiene, ante el llamativo aumento de la mortandad por la peste bubónica, que se expandía fundamentalmente a través de los puertos. En consecuencia, Malbrán debió innovar estableciendo acuerdos con otros países para la coordinación de políticas sanitarias. Asimismo, ante el surgimiento de epidemias de viruela, impulsó la creación de delegados con residencia en las provincias a fin de optimizar el control de brotes.

En 1904 comenzó la construcción del Instituto Bacteriológico - que hoy lleva su nombre-, concebido para impulsar la cultura científica y para elaborar sueros, vacunas y productos biológicos destinados al diagnóstico, tratamiento y profilaxis de las enfermedades infectocontagiosas.

El 11 de octubre de ese año, Malbrán colocó la piedra fundacional del edificio del Instituto. En 1910 renunció, al ser elegido senador por su provincia natal. Murió en Buenos Aires en agosto de 1940.